临床上需对骨髓炎的类型及与骨髓炎有相似临床表现的疾病进行鉴别：
1、对于血源性骨髓炎，临床上主要分为三种类型
(1)急性血源性骨髓炎，其特点是具全身性症状，发病10天内X线检查无改变，大多数病例没有既往发作的病史。
(2)亚急性血源性骨髓炎，其特点是不具全身中毒症状，发病时已出现X线改变，病程超过10天，没有既往发作的病史。
(3)慢性血源性骨髓炎，其特点是依据病情变化全身症状可有可无，X线改变常见，有既往感染发作的病史。
2、骨髓炎X线显示骨膜反应，骨破坏这种类型最多。一般变化为弥漫性、急性进程的病例诊断不会困难。而亚急性或慢性发病，疼痛轻，全身及局部炎症症状轻的病例，与骨肿性疾病的鉴别非常困难。一般而言，这种骨髓炎的X线片，骨髓腔内的变化比较轻微，骨膜反应为全周性且范围广泛。有时骨皮质的一部分发白、硬化、成死骨像。这是一特点，肿性疾病不能见到。
3、急性骨髓炎从全身来看，应于急性风湿热、急性白血病鉴别，从局部及X线所见，应与骨肉、Ewing肉、骨组织细胞增多症鉴别：
(1)骨肉通常好发于10岁上下，在四肢骨，大部分发生在偏干骨骺部;偶尔发生在骨干部，从初期就显示全周性变化。在这种情况下，如果和应该鉴别的骨髓炎相比，其骨破坏、骨膜反应的范围比较局限，但有时X线鉴别困难;通过CT、MRI检查及活体组织检查鉴别是必要的。
(2)Ewing肉，常常与骨髓炎难以鉴别。Ewing肉发病部位在四肢骨的骨干部;有时有剧痛，伴发热及局部热感;血沉升高;白细胞升高;CRP阳性，呈炎症反应。X线上，早期以骨膜反应为主，骨髓内缺乏变化，诊断困难。骨膜反应与骨髓炎相比，规则，多半示葱皮状骨膜反应，这是特征(症例3)。如有疑问，必须活检证实诊断。
(3)骨组织细胞增多症，根据发病部位，显示种种X线像。发生在四肢长管状骨时，有高度的骨 质破坏及显著的骨膜反应，因局部及全身均有轻度的炎症症状，与骨髓炎的鉴别成为问题。但是，骨组织细胞增多症与骨髓炎相比，骨破坏的范围及骨膜反应都是局限性的;如从死骨上看，有时也不出现硬化像。骨样骨，有时与骨髓炎难以鉴别。X线上，常发生在长管状骨的偏在性(即发生在中央偏上，或下)X线显示高度骨膜反应及骨皮质肥厚，如果细心观察，其中可见病灶的 骨透亮像。但有时会发生全周性骨皮质肥厚，病灶不明显。